제한효소절편길이다형성 (restriction fragment length polymorphism)
쉽게 풀면
제한효소는 DNA에서 특정 짧은 서열을 알아보고 그 자리를 자릅니다. 만약 어떤 사람의 DNA에서 한 글자가 바뀌어 그 인식 서열이 사라지면, 그 자리는 잘리지 않아 조각의 길이가 달라집니다. 이 길이 차이를 전기영동으로 확인하면 개체 사이의 유전적 차이를 알 수 있습니다. 이 원리를 이용한 분석을 제한효소절편길이다형성 분석이라고 합니다.
왜 중요한가
염기서열을 직접 읽는 것이 비싸던 시절에 유전형을 구분하는 실용적인 방법으로 널리 쓰였고, 유전자 지도 작성과 친자 감별, 품종 판별의 토대가 되었습니다. 지금도 이미 알려진 한 자리 변이를 값싸게 확인할 때는 증폭 산물을 제한효소로 처리하는 간편한 형태로 실험실에서 쓰입니다.
논문에서는 이렇게 쓰입니다
변이 유무에 따라 잘리는 자리가 달라지는 성질을 이용해 유전형을 간단히 구분했다는 뜻입니다.
조금 더 깊게 보면
고전적인 방식은 유전체 DNA를 제한효소로 자른 뒤 전기영동하고 서던 블롯으로 특정 부위만 검출하는 절차였으나, 시간이 오래 걸리고 많은 양의 DNA가 필요했습니다. 이후 관심 부위만 증폭한 다음 제한효소로 잘라 확인하는 방식이 표준이 되면서 소량 시료로도 간단히 수행할 수 있게 되었습니다. 한계는 변이가 마침 제한효소 인식부위 안에 있어야 한다는 점이며, 그렇지 않은 변이는 인위적으로 인식부위를 만들어 주는 프라이머 설계로 우회하기도 합니다. 부분 분해가 일어나면 잘못된 유전형 판정으로 이어지므로 완전 분해 조건 확인이 중요합니다.
주의할 점
잘리지 않은 결과가 변이 때문인지 효소 반응 실패 때문인지 구분하려면 내부 대조 절단 부위를 함께 두어야 합니다. 단일염기다형성 유전형분석이 다양한 플랫폼을 포괄하는 넓은 개념이라면, 이 항목은 제한효소 절단 여부로 판정하는 고전적 방법입니다.