인트론 잔류 (intron retention)

한 줄 정의: 스플라이싱 때 제거되어야 할 인트론이 성숙 RNA에 남아 있는 대체 스플라이싱의 한 형태입니다.

쉽게 풀면

유전자에서 막 만들어진 RNA에는 단백질 정보가 있는 엑손과 중간중간 끼어 있는 인트론이 섞여 있고, 보통 인트론은 잘려 나갑니다. 그런데 일부 인트론이 잘리지 않고 그대로 남는 경우가 있는데, 이것을 인트론 잔류라고 합니다. 한때는 단순한 실수로 여겨졌지만 지금은 유전자 발현을 조절하는 한 방식으로도 이해됩니다.

왜 중요한가

인트론이 남은 RNA는 핵에 머물거나 분해되는 경우가 많아 결과적으로 단백질 양을 줄이는 조절 수단이 될 수 있습니다. 또 남은 인트론 서열이 비정상적인 RNA 구조를 만들어 선천면역 센서를 자극할 수 있다는 가설도 제시되어, 세포 스트레스나 염증 연구와 연결됩니다.

논문에서는 이렇게 쓰입니다

"소뇌 별아교세포에서 광범위한 인트론 잔류가 관찰되어, 이것이 이중가닥 RNA 축적의 출처일 가능성이 제시되었다."

남은 인트론 서열이 이중가닥 RNA를 만들고 면역 반응을 일으킬 수 있다는 가설을 서술한 문장입니다.

조금 더 깊게 보면

인트론 잔류는 RNA 시퀀싱 데이터에서 인트론 구간에 매핑된 읽기 수를 주변 엑손과 비교하는 방식으로 측정합니다. 남은 인트론에 조기 종결 코돈이 생기면 넌센스 매개 붕괴로 RNA가 분해될 수 있습니다. 인트론에는 반복 서열이 많아, 서로 반대 방향의 반복 서열이 짝지으면 이중가닥 RNA가 형성될 수 있다는 점이 면역 연구와 연결되는 이유입니다.

주의할 점

RNA 시퀀싱에서 인트론 읽기가 많다고 모두 성숙 RNA의 인트론 잔류는 아니며, 아직 가공 중인 전구 RNA나 게놈 DNA 오염이 섞일 수 있습니다. 특히 핵을 시퀀싱하는 데이터에서는 인트론 신호가 원래 많다는 점을 감안해야 합니다.