아크릴아마이드 (Acrylamide)
쉽게 풀면
아크릴아마이드는 단독으로는 액체 상태이지만, 촉매와 함께 반응시키면 서로 사슬처럼 연결되어 촘촘한 그물 구조의 젤로 굳는다. 이 그물의 촘촘함은 아가로스보다 훨씬 세밀하게 조절할 수 있어서 단백질처럼 작은 분자나 크기 차이가 미세한 DNA 조각을 정밀하게 분리하는 데 적합하다. 단백질 전기영동(SDS-PAGE)이나 작은 RNA를 분리하는 실험에서 핵심 재료로 쓰인다. 미중합 상태의 아크릴아마이드는 신경독성이 있어 취급에 각별한 주의가 필요하다.
왜 중요한가
폴리아크릴아마이드 젤은 단백질과 핵산을 크기에 따라 정밀하게 분리할 수 있는 대표적인 실험 도구여서, 생화학·분자생물학 논문의 방법(Methods) 섹션에 매우 자주 등장한다. 웨스턴 블롯을 통한 단백질 발현 확인, 시퀀싱 이전 단계의 소형 RNA·DNA 단편 분리 등 다양한 후속 분석의 전제 조건이 되기 때문에, 젤 조성과 중합 조건을 정확히 보고하는 것이 실험 재현성 측면에서 중요하게 다뤄진다.
논문에서는 이렇게 쓰입니다
단백질 크기별 분리를 위해 사용한 젤의 조성을 설명하는 문장이다.
분자생물학 실험에서 작은 크기의 RNA를 고해상도로 분리하기 위해 아크릴아마이드 농도를 높인 젤을 사용했음을 설명하는 문장이다.
단백질공학·생화학 분야에서 정제한 단백질 시료의 순도와 크기를 검증할 때 흔히 쓰이는 표현이다.
조금 더 깊게 보면
폴리아크릴아마이드 젤의 특성은 아크릴아마이드와 비스아크릴아마이드의 비율, 그리고 전체 단량체 농도(흔히 %T로 표기)에 따라 결정되며, 이 값을 조절해 그물 구조의 촘촘함, 즉 공극 크기를 바꿀 수 있다. 농도가 높을수록 그물이 촘촘해져 작은 분자를 더 세밀하게 분리할 수 있고, 낮을수록 큰 분자의 이동을 원활하게 한다. 또한 단백질 분리에서는 변성 조건(SDS-PAGE)과 비변성 조건(Native-PAGE)을 구분해서 쓰는데, 어떤 조건을 택했는지에 따라 분리되는 것이 단백질의 크기인지 입체구조와 전하까지 반영된 이동 양상인지가 달라진다.
주의할 점
미중합 아크릴아마이드는 피부로 흡수되어 신경계에 독성을 나타낼 수 있어 장갑을 반드시 착용해야 한다.