번역 리보솜 친화 정제 (translating ribosome affinity purification)
쉽게 풀면
뇌 조직을 통째로 갈면 여러 세포의 RNA가 뒤섞여 어느 세포의 것인지 알 수 없습니다. TRAP은 원하는 세포 유형에서만 꼬리표가 달린 리보솜을 만들게 한 뒤, 그 꼬리표를 붙잡아 리보솜과 거기에 붙은 mRNA를 함께 끌어올립니다. 이렇게 하면 세포를 떼어 내지 않고도 특정 세포가 실제로 단백질로 만들고 있는 mRNA를 볼 수 있습니다.
왜 중요한가
세포 분리 과정의 스트레스나 손실 없이 조직 속 특정 세포의 발현을 측정할 수 있습니다. 또 리보솜에 실린 mRNA를 보기 때문에, 단순한 RNA 양보다 실제 번역에 가까운 정보를 준다는 장점이 있습니다. 가느다란 돌기 속 mRNA까지 함께 회수될 수 있어 교세포 연구에 특히 유용합니다.
논문에서는 이렇게 쓰입니다
세포 유형별로 표지 리보솜을 발현시켜 해당 세포의 번역 중인 mRNA만 분리했다는 뜻입니다.
조금 더 깊게 보면
대개 리보솜 단백질 하나에 GFP나 HA 같은 표지를 붙이고, 세포 유형 특이적 프로모터나 Cre 계통으로 원하는 세포에서만 발현시킵니다. 조직을 균질화할 때 번역 억제제 등을 넣어 리보솜이 mRNA에서 떨어지지 않게 한 뒤, 표지에 대한 항체로 면역침강합니다. 회수한 RNA는 RNA 시퀀싱이나 정량 PCR로 분석하며, 전체 조직 RNA와 비교해 해당 세포에서 농축된 유전자를 찾습니다.
주의할 점
리보솜에 붙어 있다는 것이 활발히 번역되고 있다는 뜻과 반드시 같지는 않으며, 정지된 리보솜에 붙은 mRNA도 함께 회수될 수 있습니다. 비특이적 결합으로 다른 세포의 RNA가 섞일 수 있으므로 표지가 없는 대조군과의 비교가 필요합니다.