RIPA 완충액 (RIPA Buffer (Radioimmunoprecipitation Assay Buffer))
쉽게 풀면
세포 속 단백질을 실험에 쓰려면 먼저 세포를 터뜨려서 안의 내용물을 꺼내야 하는데, RIPA 완충액은 이 과정을 도와주는 용액이다. 여러 세제 성분이 세포막뿐 아니라 세포핵의 막까지 녹여내기 때문에 핵 안에 있는 단백질까지 폭넓게 얻을 수 있다. 그만큼 세기가 강해서 단백질 간의 약한 결합은 끊어질 수 있다는 한계도 있다. 웨스턴 블롯 등 단백질 발현을 확인하는 실험 전 단계로 자주 쓰인다.
왜 중요한가
세포 안 단백질의 발현량이나 변형 상태를 분석하려면 먼저 세포를 안전하고 효율적으로 파괴해 단백질을 온전히 꺼내는 과정이 선행되어야 하며, RIPA 완충액은 이 단계에서 널리 쓰이는 표준 시약 중 하나입니다. 세포막뿐 아니라 핵막까지 파괴할 수 있어 핵 안에 있는 전사인자 등 다양한 위치의 단백질까지 폭넓게 회수할 수 있기 때문에, 웨스턴 블롯이나 효소면역측정법(ELISA)처럼 단백질 발현을 정량하는 연구 전반의 전처리 단계에서 자주 등장합니다. 어떤 용해 완충액을 썼는지는 이후 검출되는 단백질의 종류와 양에 직접 영향을 미치므로 방법론 부분에 구체적으로 기술됩니다.
논문에서는 이렇게 쓰입니다
세포를 파괴해 단백질을 얻는 과정에서 사용한 용해 완충액의 조성을 설명한 문장이다.
세포 배양 시료뿐 아니라 동물 조직 시료에서도 RIPA 완충액을 이용해 단백질을 추출한 뒤, 원심분리로 찌꺼기를 가라앉히고 남은 상등액만 분석에 활용했다는 뜻입니다.
단백질의 인산화 상태처럼 쉽게 사라질 수 있는 변형을 그대로 유지하기 위해, 프로테아제 억제제 외에 인산가수분해효소 억제제까지 추가해 RIPA 완충액을 변형한 사례를 보여줍니다.
조금 더 깊게 보면
RIPA 완충액은 SDS, 소듐 데옥시콜레이트, NP-40(또는 Triton X-100) 등 여러 세기의 세제를 함께 포함하고 있어, 트리톤 X-100만 사용하는 비교적 순한 완충액보다 세포와 세포소기관을 훨씬 강하게 파괴합니다. 그만큼 단백질-단백질 상호작용처럼 약한 결합은 함께 깨질 수 있어, 면역침강처럼 결합 상태를 유지해야 하는 실험에는 세기가 약한 완충액이 선호됩니다. 실제 실험에서는 단백질 분해효소(protease)와 인산가수분해효소(phosphatase)에 의한 단백질 변형이나 분해를 막기 위해 각각의 억제제를 사용 직전에 첨가하는 것이 일반적입니다.
주의할 점
단백질 간 상호작용을 그대로 보존해야 하는 면역침강 실험에는 세기가 약한 완충액이 더 적합할 수 있다.