LOD 점수 (LOD score)
쉽게 풀면
LOD 점수는 가계 연구에서 어떤 유전자 표지와 질병이 실제로 연관되어 있는지를 판단하는 통계 점수입니다. 이 점수가 높을수록 두 위치가 우연이 아니라 실제로 염색체 위에서 가까이 있어서 함께 유전될 가능성이 크다는 뜻입니다. 관례적으로 3.0 이상이면 통계적으로 유의미한 연관성이 있다고 인정합니다.
왜 중요한가
LOD 점수는 가계기반 유전연관분석의 표준 통계량으로, 멘델 유전 질환의 원인 유전자를 찾는 고전적 유전학 연구부터 현재도 이어지는 희귀질환 유전자 발굴 연구까지 폭넓게 사용됩니다. 대규모 코호트를 이용한 전장유전체연관분석(GWAS)이 보편화된 이후에도, 가족력이 뚜렷한 질환이나 소수의 대가계를 대상으로 한 연구에서는 여전히 LOD 점수 기반 연관분석이 원인 유전자좌를 좁히는 핵심 도구로 쓰입니다.
논문에서는 이렇게 쓰입니다
연관분석에서 통계적으로 유의한 결과를 LOD 점수로 보고한 예문이다.
여러 세대에 걸친 가계 자료를 이용해 유전체 전체를 훑어본 결과, 특정 염색체 부위에서 질병과의 연관성이 통계적으로 유의한 수준으로 나타났다는 뜻입니다.
가계 구성원 간 혈연관계가 가까워 유전자 재조합이 충분히 관찰되지 않으면, 연관성을 계산하는 데 필요한 정보가 부족해져 결과의 정밀도가 떨어질 수 있다는 의미입니다.
조금 더 깊게 보면
LOD 점수는 재조합 빈도(θ)를 0에서 0.5 사이의 여러 값으로 바꿔가며 우도를 계산하고, 그 중 가능도가 가장 높은 지점의 값을 최대 LOD 점수로 보고하는 방식으로 산출됩니다. 유전자좌 이질성이 의심되는 경우에는 앞서 소개한 이질성 LOD 점수(HLOD)를 사용해 일부 가계에서만 연관성이 존재할 가능성을 반영하기도 합니다. 다만 LOD 점수 3.0이라는 관례적 기준은 검정하는 가설의 수(유전체 전체를 탐색하는 다중검정 문제)를 고려해 설정된 값이므로, 연구 설계에 따라 요구되는 유의성 기준이 달라질 수 있습니다.
주의할 점
LOD 점수 3.0은 관례적인 유의성 기준일 뿐이며 가계 크기와 질환의 유전 양식에 따라 해석 기준이 달라질 수 있다.